Можно ли поставить коробку с ваз 2106 98 г.в. На ваз 21041 07 г.в есть разница между мини?

Можно. Но учти, что и на 2104 и 2106 ставились и 5-ти, и 4-х ступенчатые коробки, если меняешь 5-на 5 или 4на4, то проблем никаких, если 4на5 или наоборот, то кажется, 3-я опора у движка меняется.

ЗЫ а что лучше 5-ти ступка или 4-х это уж выбирай сам.