Сегодня была произведена капитала коробки троссиковой, приора 2008,все тихо, ровно, но иногда выбивает 3 передачу, в чем может быть причина, притирка, там муфта 3 и 4 новая, плюс сама 3 шестерня новая

Есть, конечно, мало похожая тема, но таки правильней было бы спросить в ней.
Есть ещё посты про тросовые коробки в самарских "экспрессах", но... там искать - нути нафиг, зароешься.
А так, навскидку, может проверить регулировку тросов сперва?
По какой причине коробас перебирался? Если до переборки передача не вылетала, то, как говорится, где на.рал, там и ищи!. Т.е. проверяй регулировку тросов. А если не поможет, то снова разбирай коробас.

Фиксатор штока стоит?

Они по определению не регулируемые.

Никакой "притирки".
Скорее всего брак третьей шестерни,или ее синхронизатора.